Epidemia, szczep genów toksyny Clostridium difficile cd

izolaty difficile utrzymywane przez badaczy Hines VA. Izolaty w historycznej bazie danych zebrano w okresie od 1984 r. Do 1990 r .; wszystkie izolaty były szeroko scharakteryzowane za pomocą analizy restrykcyjnej endonukleazy Hindlll (REA) i powiązane z danymi klinicznymi i epidemiologicznymi. Typowanie naprężeń
Rycina 1. Rycina 1. Główne geny w locus patogeniczności (PaLoc) Clostridium difficile i związek z genami pod kątem toksyny binarnej. Geny, odpowiednio, tcdA i tcdB kodują toksyny A i B, podczas gdy tcdD koduje pozytywny regulator produkcji toksyn A i B. Gene tcdE koduje białko, które może być ważne dla uwalniania toksyny z komórki. Gene tcdC jest domniemanym negatywnym regulatorem produkcji toksyn A i B. Geny cdtA i cdtB znajdują się w nieznanej odległości od PaLoc i kodują enzymatyczne i wiążące składniki odpowiednio toksyny binarnej. B1 i A3 wyznaczają lokalizację i względną wielkość fragmentów genów, które przeszły amplifikację reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) w celu toksynotypowania.
Izolaty poddano typowaniu REA i elektroforezie w żelu pulsującym (PFGE), jak opisano wcześniej17, 18; oprogramowanie z BioNumerics 3.5 (Applied Maths) zostało użyte do przeprowadzenia analizy dendrograficznej wyników PFGE. Ponadto, przeprowadzono toksynotypizację zgodnie z metodą Rupnika i wsp., Z modyfikacjami.19 Toksynazacja analizuje polimorfizmy długości fragmentów restrykcyjnych (RFLP) genów kodujących toksyny A (tcdA) i B (tcdB), otaczający regulator geny (tcdC i tcdD) i gen poryny (tcdE) w regionie genomu C. difficile znanego jako locus patogeniczności (PaLoc) (Figura 1). Ponieważ analiza RFLP fragmentów reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) A3 i B1 daje wzór wystarczający do zidentyfikowania większości toksynotypów, 19 ograniczyliśmy naszą analizę do tych dwóch fragmentów.
Markery molekularne o potencjalnie zwiększonej zjadliwości
Oprócz dobrze scharakteryzowanych toksyn A i B, toksynę binarną zidentyfikowano w około 6 procentach klinicznych izolatów C. difficile uzyskanych w Stanach Zjednoczonych i Europie.20,21 Struktura i funkcja tej toksyny (określane jako binarna toksyna CDT) są podobne do toksyn innych binarnych, takich jak toksyna jota znaleziona w C. perfringens, i jest to podejrzewany czynnik wirulencji u szczepów C. difficile niosących toksynę.22 Wykryliśmy binarny C. difficile gen toksyny za pomocą PCR dla cdtB, który znajduje się poza PaLoc i koduje podjednostkę beta toksyny binarnej (rys. 1) .20
Szukaliśmy również delecji w tcdC przy użyciu PCR ze starterami tcdc1 i tcdc2, które zsyntetyzowano w CDC Core Facility na podstawie opublikowanych sekwencji.23 Gen tcdC znajduje się w obrębie PaLoc poniżej genów kodujących toksyny A i B i jest transkrybowany w przeciwnym kierunku niż te geny (ryc. 1). Uważa się, że białko tcdC działa jako negatywny regulator produkcji toksyn A i B. Ostatnio opisano wiele alleli tcdC, które obejmują delecje o różnej wielkości, mutacje punktowe, aw jednym przypadku mutację nonsensowną, wszystkie co skutkowałoby skróconym białkiem tcdC.23,24 Postawiono hipotezę, że mutacje w tcdC mogą skutkować utratą funkcji regulacji ujemnej, prowadząc do zwiększonego wytwarzania toksyn i wirulencji.23,24
Testowanie pod kątem wrażliwości na środki przeciwdrobnoustrojowe
Wrażliwość na klindamycynę i fluorochinolony (lewofloksacyna, gatyfloksacynę i moksyfloksacynę) określono za pomocą pasków testowych E (AB Biodisk), a wyniki interpretowano zgodnie ze standardowymi kryteriami.25 Specyficzne punkty przerwania do interpretacji wyników wrażliwości klindamycyny były dostępne w Instytucie Standardów Klinicznych i Laboratoryjnych (CLSI, dawniej Krajowy Komitet Klinicznych Standardów Laboratoryjnych) .25 Jednak ponieważ CLSI dla C nie zostały ustalone
[podobne: topmed, szkoły rodzenia, na zdrowie po czesku ]
[przypisy: lekarz rodzinny specjalizacja, terapia dzieci i młodzieży, szkoły rodzenia ]